10X 单细胞 VDJ

常见问题

1.目前10x单细胞VDJ支持的物种类型？

默认仅支持人和小鼠的TCR或者BCR，其他物种需要客户自行提供对应引物序列和扩增反应条件，并且需要客户自行分析数据，同时不能保证数据结果。

2.10xVDJ样品应用类型？

10x VDJ仅适用于样品中包含成熟的T细胞，B细胞的样品，对于某些培养细胞系，由未分化干性细胞组成，不含成熟T/B细胞，无法对特定序列进行扩增。

3.为什么10x VDJ通常用5’捕获？

10x单细胞转录组建库有5’端和3’端建库两种方式。在3’端的建库中，Gel beads的末端序列是poly（dT），用于和转录组3’端的polyA结构互补配对。而在5’端的建库中，Gel beads的末端序列是TSO序列，其末端有polyG的结构。转录本会在酶的作用下在其5‘端加上polyC的结构，由此完成配对。因为VDJ区域位于5’端，所以获取VDJ信息需采用5’端捕获方法，目的是为了在保证序列长度较短的情况之下富集到位于5’端的多变VDJ区域。

4.单细胞3’转录组和5’转录组应用上的区别是什么？

1）客户是否有着重关注的转录本区域，比如SNP的位置靠近5’端；
2）客户是否是免疫方向，是否关注TCR/BCR多样性；
若满足上述任一点，建议5端转录组，其余建议3’转录组即可。

5.做10x单细胞VDJ产品需要进行分选T/B细胞吗？

1）如果只关注T/B细胞，对其他细胞类型不感兴趣，建议分选；如果关注其他细胞类型，例如想研究T/B和其他细胞类型间互作，不建议分选；
2）但是需要提醒客户如果悬液中T/B占比很低（<20%），可能由于TCR或BCR风度太低，出现数据指标报错的情况。

6.10x单细胞VDJ兼容细胞核吗？

不能。主要原因是细胞核分离会使得部分转录本损失。即使在细胞中，VDJ转录本的表达量也往往较低。只分离细胞核意味着细胞质中含有的RNA会丢失，这导致可用于捕获和分析的转录本减少。

7.有些项目中组织样本会出现scRNA-seq数据表现正常，但scV(D)J-seq数据clonetype很少，为什么？

1）与scRNA-seq中的T或者B细胞比例有关，可能是组织中T/B细胞比例本身就低，在实验未经过富集就直接上机导致的；样本中T/B细胞比例小于10%风险偏高，一般建议大于20%。
2）可能是T/B细胞处于naive状态，还没有表达TCR/BCR基因，需确认客户取样来源。